تعود نشأة القسم مع نشأة الكلية إلى عام 1965م عندما أنشئ مقارنة الأديان بكلية أصول الدين وظل يؤدي عمله طوال تلك الفترة،  وخلال هذه الفترة تخرج الطلاب في اختصاص مقارنة الأديان في مستوى البكالوريوس والدبلوم العالي والماجستير والدكتوراه ،

في عام 2002م قرر مجلس الأساتذة إنشاء كلية مستقلة تحت اسم (كلية الدعوة الإسلامية)  وبها عدة أقسم منها مقارنة الاديان الذ اخذ مسماه الجديد مقارنة الاديان والدراسات الاستراتيجية  الذي يخرج طلاباً في مرحلتي البكالوريوس والدراسات العليا.

أهداف القسم:

1. تبصير الطالب بأهمية مقارنة الأديان من منظور إسلامي.
2. بيان اتفاق أصول الديانتين اليهودية والنصرانية مع الإسلام قبل تحريفهما، وتفنيد الأفكار التي تدعو إلى وحدة الأديان.
3. وقوف الطالب على معتقدات الشعوب وأثر الدين في حياة الإنسان.
4. توعية الطالب بالأفكار والتيارات ذات التأثير السالب على الإسلام وكيفية مواجهتها.
5. تعريف الطالب بالوسائل والأساليب المستخدمة  للتشكيك في عقيدة المسلمين والرد عليها.
6. تخريج مجموعة من المختصين في مجال مقارنة الأديان والدراسات الاستراتيجية.
7. إعداد البحوث والدراسات التي تخدم اهداف القسم.